Tělo pavouka můžeme již při zběžném pohledu rozdělit na dvě základní části: hlavohruď (cephalothorax), na níž zřetelně rozlišíme šest párů končetin, a zadeček (abdomen), který u sklípkanů není článkovaný. Obě tyto části jsou spojeny tenkou stopkou (petiolus).
Hlavohruď nese na hřbetní straně kompaktní štít (karapax). Ten si můžeme nejlépe prohlédnout na sklípkaní svlečce (exuvie). Nápadným útvarem je jamka (fovlea), neboli vtisk, který vbíhá dovnitř těla pevným trnem (apodema), sloužícím pro úpon mohutných svalů savého žaludku. Dále si můžeme v přední části karapaxu všimnout drobné vyvýšeniny, na níž jsou uloženy čtyři páry jednoduchých očí. Jejich zorná pole se překrývají a pavouk tak registruje zrakové podněty ve značně širokém úhlu. Na spodní straně hlavohrudi najdeme mezi kyčlemi (coxa) nečlánkovanou pevnou prsní destičku zvanou prsní štít (sternum).
Sklípkany odlišujeme od ostatních pavoukovitých podle postavení chelicer. U labidognátních pavouků se chelicery při zakousnutí pohybují k sobě, u ortognátních se chelicery zakusují paralelně dozadu. Obecně jsou labidognátní pavouci považováni za vývojově mladší, neboť pro uchopení stejně velké kořisti potřebuje ortognátní pavouk podstatně větší chelicery, než labidognátní. Asi 90% pavouků je labidognátních.
Klepítka (chelicery) vznikly z prvního páru končetin. Jsou dvoučlánkové a jak již bylo řečeno, otevírají se rozvnoběžně s podélnou osou těla. V bazálním článku chelicery je umístěna jedová žláza, jejíž vývod ústí těsně pod špičkou druhého článku.
Druhý pár končetin se přeměnil v makadla (pedipalpy). Ty mohou mít u pavoukovců nejrůznější tvar (např. klepeta u štírů), ale u sklípkanů mají podobu kráčivých noh. Jsou ovšem o jeden článek kratší. Kyčelní články pedipalp (gnathocoxy) ohraničují spolu s horním (labrum) a dolním pyskem (labium) ústní otvor, kterým začíná trávicí trubice. Rozšířená představa, kterak pavouci vysávají kořist chelicerami, je tedy mylná. U dospělých samců mají pedipalpy také významnou úlohu při páření. V dospělosti se u nich mění poslední článek makadel v kopulační orgán, složený ze dvou základních částí. Vlastní zásobárna spermatu (bulbus) vybíhá ve špičatý útvar (embolus). Ten je při kopulaci zaváděn do spermaték samice. Celý orgán je v klidu sklopen, takže je na první pohled špatně viditelný.
Zbývající 4 páry končetin slouží k pohybu. Jsou osmičlánkové a poslední dva články zpravidla nesou na spodní straně zvláštní chloupky (scopulae). Právě toto husté ochlupení tvořené kartáčky krátkých, na konci větvených chloupků, funguje podobně jako přísavky gekonů a umožňuje sklípkanovi pohyb po hladkém povrchu (sklo, listy, rostlin). Nejlépe je toto ochlupení samozřejmě vyvinuto u stromových sklípkanů, kde jsou koncové články končetin (zejména tarsus pedipalp a tarsus i metatarsus předních dvou párů noh) díky němu značně rozšířené a na první pohled upoutají svým duhovým leskem (např u rodů Avicularia, Poecilotheria, nebo Stromatopelma).
Zadeček sklípkanů je vakovitého tvaru, původní článkování lze vysledovat jen podle uložení některých důležitých orgánů.
Dýchací orgány tvoří dva páry plicních vaků. Ty se jeví při pohledu zespoda jako bělavé skvrny v místě původního 8. a 9. tělního článku. Navenek ústí stigmatem, uvnitř jsou dýchací lišty přímo omývány tělní tekutinou (hemolymfa). Zjednodušeně si můžeme celý dýchací ústroj představit jako primitivní lupínkovité žábry ponořené dovnitř těla. Vstup do plicního vaku je chráněn před vniknutím nečistot hustými chloupky.
Snovací bradavky najdeme na konci zadečku, na místě původního 10. a 11. segmentu. Jeden pár je článkovaný, dlouhý, pohyblivý a je zřetelně vidět jeho končetinový původ. Na svém konci mají bradavky otvůrky, z nichž každý je vývodem snovací žlázy. Produkují hedvábná vlákna různé kvality a účelu.
Nervová soustava je typickým příkladem modifikace žebříčkové soustavy. Stejně jako tělní segmenty, také ganglia tělních článků splývají v mohutnou nadhltanovou a podhltanovou zauzlinu, ze které vybíhá dozadu zadečkový nerv. Tento vysoký stupeň organizace nervové hmoty odpvídá už poměrně složitým a koordinovaným projevům pavouka jako dravce.
Ze smyslových orgánů jsme se už zmínili o zraku. Dalšími důležitými smysly jsou hmat, čich a sluch. Tato čidla mají charakter brv a tuhých chloupků, jejichž podrážděním se vzruchy přenášejí k nervové tkáni. Čichové orgány jsou umístěny na chodidlech, sluchové a hmatové chloupky jsou po celém těle.
Stridulační orgány najdeme na bazálních článcích chelicer. Zvuk je vydáván třením bazálních článků pedipalp o chelicery.
Trávení je mimotělní, probíhá za pomoci trávicích enzymů, které rozpouštějí svalovinu a vnitřní orgány kořisti. Natrávená potrava je nasávána ústním otvorem do hltanu a mohutného savého žaludku. V abdominální části se střevo bohatě větví a vyplňuje takřka celý zadeček. Trávicí soustava vyúsťuje řitním otvorem umístěným nad snovacími bradavkami.
Cévní soustava je otevřená, takže tělní tekutina volně omývá vnitřní orgány. Jejím základem je srdeční trubice s ostiemi, uložená ve hřbetní části zadečku. Lze ji pozorovat u odrostlejších mláďat jako temnou čáru s postranními výběžky. Ostie jsou otvůrky, jimiž proudí hemolymfa dovnitř srdeční trubice. Z její přední části je pak vháněna zpět do tělní dutiny. Tím je zabezpečeno proudění hemolymfy v těle.
